Leczenie grypy (nie tylko ptasiej), podobnie jak innych chorób wirusowych, polega na podawaniu leków przeciwwirusowych. W przypadku wirusa grypy efektywny jest lek blokujący wirusowy enzym neuraminidazę, który odgrywa kluczową rolę w procesie replikacji (powielania) wirusa. Lekiem takim jest np. oseltawir, znany pod marką handlową "Tamiflu".

Badany jest również nowy lek, o roboczej nazwie "Ro6408802", którego celem jest także neuraminidaza. Mechanizm jego działania polega na dopasowywaniu się do struktury przestrzennej tzw. centrum aktywnego enzymu neuraminidazy i tym samym zablokowaniu jego aktywności. Centrum aktywne enzymu to jego kluczowy obszar, odpowiedzialny bezpośrednio za przeprowadzanie charakterystycznej, specyficznej dla niego reakcji enzymatycznej. Centrum aktywne "dopasowuje się" przestrzennie do cząsteczki z którą reaguje, jest to zatem obszar, którego budowa nie zmienia się (lub tylko nieznacznie) w kolejnych pokoleniach szczepów wirusa grypy. Taka strategia działania leku ma więc spowodować, że kolejne szczepy wirusa, zmieniające często swoją strukturę w celu uodparniania się na leki, nadal będą na ten właśnie lek wrażliwe.

Inny lek przeciwko wirusowi grypy, o nazwie Adamantamine, powoduje zablokowanie białka H2 wirusa. Jest to białko błonowe, którego zadaniem jest transport innych białek przez błonę białkowo-lipidową wirusa. Wirus z zablokowanym białkiem H2 nie może wykorzystać białek swojego gospodarza do własnych celów nawet jeśli zainfekuje komórkę i znajdzie się w jej wnętrzu. Jest jakby oddzielony od środowiska komórki, nie może się więc powielać. Z powodu dużej zmienności genetycznej wirusa grypy ta strategia jest jednak mało przydatna.

Opisywane wyżej leki nie są szczepionką. Zażywanie ich nie powoduje odporności zdrowego organizmu. Nie wolno leczyć się na własną rękę - nawet jeżeli posiadamy któryś z nich w apteczce.